Shadow Empires introduceerde een nieuw concept in het spel - facties. Aan het begin van het spel selecteren de spelers hun stam en daarnaast een factie. Er zijn 5 facties. Elke factie begint het spel in een andere positie op de kaart:

Imerium – in het centrum	Dynasty – in zuid-oost

Rebellen – in noord-west	Horde – In het oosten
Marauders – In het noorden

In het begin zullen nieuwe spelers van een specifieke factie in dezelfde regio beginnen. Zodra het gevuld is, zullen nieuwere spelers in een andere regio in de buurt beginnen te verschijnen, enzovoorts. Het hangt niet meer af van de kwartieren of de afstand tot het centrum van de kaart.
Regio's

Facties bepalen niet alleen de uitgangspositie van de spelers, maar introduceren ook een nieuw niveau van samenwerking tussen de spelers.

Regio's worden nu veroverd door facties, niet door individuele allianties. Zowel facties als allianties die hebben geholpen bij het veroveren van regio's winnen punten. Echter, slechts één alliantie kan toegang krijgen tot de oude macht van de regio. Zie het artikel over regio's en oude machten voor meer details.
Spelers en allianties in facties

Spelers selecteren hun factie aan het begin van het spel en kunnen deze selectie niet wijzigen.

Een alliantie behoort tot de factie van de speler die die alliantie heeft gecreëerd. Het kan ook niet later worden veranderd.

De spelers zijn echter vrij om zich aan te sluiten bij elke alliantie die ze willen. Dus zelfs als je het spel begon te spelen voor Rebellen, zou je je kunnen aansluiten bij een alliantie die behoort tot de Horde of een andere factie.